Les entéropathogènes sous la loupe – un aperçu épidémiologique
Dans cet article
Alors que l’automne a débuté et que la saison des barbecues touche officiellement à sa fin, nous souhaitons vous présenter un aperçu des agents entéropathogènes isolés dans nos laboratoires à partir de cultures de selles au cours de l’année écoulée (2024–2025). Nous comparons les chiffres actuels à ceux de 2018 et examinons l’évolution de la résistance aux antibiotiques. La question se pose alors : observons-nous des changements significatifs et nos traitements empiriques de la gastro-entérite bactérienne correspondent-ils toujours aux données de résistance actuelles ?
Répartition des entéropathogènes
Parmi toutes les cultures de selles effectuées au cours de l’année écoulée, un ou plusieurs agents bactériens entéropathogènes ont été isolés dans 7,3 % des échantillons (pourcentage pratiquement identique à celui de 2018, soit 7,5 %).
Campylobacter spp. demeure le pathogène le plus fréquemment retrouvé dans les gastro-entérites bactériennes (63,8 %), bien que ce pourcentage soit légèrement inférieur à celui observé en 2018 (71,7 %). Au sein de ce genre, C. jejuni reste dominant (77,5 % des isolats de Campylobacter).
Les proportions des entéropathogènes Aeromonas spp., Salmonella spp. et Shigella spp. restent relativement stables par rapport à 2018. Yersinia enterocolitica a connu une augmentation notable, passant de 2,0 % à 5,4 %. En revanche, E. coli O157 demeure très rare, avec 0,3 % contre 0,1 % en 2018.
Tableau 1 : Aperçu des entéropathogènes isolés
Période : août 2024 – août 2025 versus janvier – décembre 2018
Résistance aux antibiotiques
En cas de gastro-entérite aiguë non compliquée, les antibiotiques ne sont généralement pas indiqués. Un traitement peut néanmoins être nécessaire lors d’infections sévères, tant chez les patients immunocompétents qu’immunodéprimés ou appartenant à d’autres groupes à risque. Il est donc essentiel de tenir compte des résistances aux antibiotiques oraux les plus utilisés.
Chez Campylobacter spp., la résistance à la ciprofloxacine reste élevée (53 %), bien qu’un peu inférieure à celle de 2018 (62 %). La résistance à l’azithromycine demeure faible (5 %), ce qui en fait un choix empirique approprié.
Pour Salmonella spp., la résistance à la ciprofloxacine est passée de 6 % à 18 %. Chez Shigella spp., elle reste très élevée (40 %), tandis qu’elle demeure faible pour Yersinia enterocolitica (1 %).
Il n’existe pas de directives pour l’interprétation de la sensibilité à l’azithromycine pour ces trois pathogènes, et donc pas de chiffres officiels de résistance. Si un traitement antibiotique s’avère nécessaire, l’azithromycine peut néanmoins être utilisée de manière empirique.
Tableau 2 : Résistance aux antibiotiques des entéropathogènes
Période : août 2024 – août 2025 versus janvier – décembre 2018
Attention : en cas de suspicion ou de détection d’une infection à STEC / E. coli O157, le traitement antibiotique est contre-indiqué, car il peut augmenter le risque de développer un SHU (syndrome hémolytique et urémique). Pour en savoir plus, consultez cet article.
Conclusion
- Campylobacter spp. demeure le principal pathogène fécal.
- Lorsque les antibiotiques sont indiqués dans le cadre d’une gastro-entérite aiguë, l’azithromycine reste le traitement empirique de choix. Commencez le traitement uniquement après le prélèvement d’un échantillon de selles.